令設檢察院、友愛寺。都察院由前明的都察院發(fā)展而來，主掌監(jiān)察、彈劾及建議。友愛寺掌刑獄案件審理，由前明大理寺發(fā)展而來。友愛寺、檢察院、刑部因同掌司法，合稱中央三司。

        此外，大齊廢除前明官制六科給事中，廢除掌侍從，原先的諫諍、補闕、拾遺、審核、封駁詔旨等職責，由訓導官負責,御史亦被廢除。

        在地方，大齊延續(xù)從元代便開始施行的行省制，仍舊為省、府、縣三級，省府縣三級主官由皇帝直接任免，縣以下為鄉(xiāng)、村，鄉(xiāng)村皆為農(nóng)會、商會選出代表直接管理。

        大齊行政機構，遠期規(guī)劃為三京八十一省，三京為中京、東京、南京。

        八十一省除關內(nèi)三十六省外、還有遼東四省、蒙古五省，朝鮮三省、倭國十省、安南國六省、真臘國三省、暹羅國六省、占城國三省、蘇門答剌兩省、爪洼國三省、湓亨國兩省、三弗齊國三省、渤泥國兩省····

        其中，均州一帶的直隸府合稱直隸。

        各省最高行政長官為巡撫，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指揮使司

        大齊與前明在軍事方面的差別，后文會詳細介紹，這里暫時不表。

        太初三年三月，武定皇帝頒布詔令，委任原吏部侍郎葛業(yè)文為河南巡撫，南明降官路振飛為湖北巡撫，兩人在洛陽謝恩后,立即分赴開封、襄陽，走馬上任。

        為加強對新占領區(qū)的統(tǒng)治，避免大軍東征朝鮮期間后院起火,各府州縣的官員都換成開原系老人，一大批從學堂畢業(yè)的訓導官、商會學徒進入府州縣衙門任職。

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